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(第一章，總則)
(第1條)農田水利會以秉承政府推行農田水利事業為宗旨。
農田水利會為公法人。
(第2條)農田水利會之組織及其有關事宜，依本通則之規定；本通則未規定者，適用其他有關法令之規定。
(第3條)農田水利會一律冠以所在地區或其水系埤圳之名稱。
(第4條)本通則之主管機關為行政院農業委員會。
(第二章，區域及設立)
(第5條)農田水利會事業區域，由主管機關根據河川水系、地理環境及經濟利益定之。
(第6條)農田水利會之設立，依下列各款之一辦理之：
一、設立區域內，具有第十四條第一項各款會員資格五十人以上之發起，報經主管機關核准者。
二、主管機關認為有設立之必要者。
(第7條)農田水利會之籌備，其發起人組織籌備機構，由主管機關輔導之。
(第8條)農田水利會籌備機構，須備具申請書、組織章程草案、事業區域圖、事業計畫書、概算書與事業區域內具有為會員資格者之全體名冊及過半數之同意簽署，報經主管機關核准設立。
(第9條)農田水利會設立後，遇有自然環境變遷或水資源規劃變更時，主管機關得依職權或經農田水利會之申請，對各該農田水利會及其事業區域為合併、分立、變更或廢止之決定。
農田水利會為前項之申請時，須經會務委員會之決議及會員過半數之同意簽署行之。
(第三章，任務及權利)
(第10條)農田水利會之任務如左：
一、農田水利事業之興辦、改善、保養及管理事項。
二、農田水利事業災害之預防及搶救事項。
三、農田水利事業經費之籌措及基金設立事項。
四、農田水利事業效益之研究及發展事項。
五、農田水利事業配合政府推行土地、農業、工業政策及農村建設事項。
六、主管機關依法交辦事項。
(第11條)農田水利會因興建或改善水利設施而必須之工程用地，應先向土地所有權人或他項權利人協議承租或承購；如協議不成，得報主管機關依法徵收。
如為公有土地，得申請承租或承購。
原提供為水利使用之土地，應照舊使用，在使用期間，其土地稅捐全部豁免。
(第12條)農田水利會因辦理水利設施，施行測量調查，有拆除障礙物之必要時，應報請所在地縣(市)政府，通知土地所有權人或占有人辦理之。
前項行為發生之損害，土地所有權人或占有人得要求補償，如有爭議，報請主管機關決定之。
(第13條)農田水利會為緊急搶救洪水災害，得報請水利主管機關依水利法第七十六條及相關規定辦理。
(第四章，會員及組織)
(第14條)凡在農田水利會事業區域內，合於下列各款之一之受益人，均為會員：
一、公有耕地之管理機關或使用機關之代表人。
二、私有耕地之所有權人或典權人。
三、公有或私有耕地之承租人或永佃權人。
四、其他受益人。
前項第二款、第三款、第四款之權利人，如為法人時，由其主管人員或代表人為會員。
(第15條)會員在各該農田水利會事業區域內，享有灌溉或農田排水利益或其他依法規或該會章程規定之權利，並負擔繳納會費及其他依法規或該會章程應盡之義務。
會員未履行義務時，各農田水利會應報經主管機關核准後，停止其權利之一部或全部。
農田水利會違反法規或該會章程或有其他不當之措施，致會員蒙受損害時，會員得按實際所受損害，請求賠償。
(第16條)農田水利會設會務委員會，置會務委員十五人至三十三人，其名額由各農田水利會依事業區域內灌溉排水面積大小酌定之，並由全體會員分區選舉產生，均為無給職。
但得酌支交通費、郵電費；其標準由主管機關定之。
會務委員會每六個月集會一次。
如有會務委員三分之一以上之請求或會長認有必要時，得召開臨時會。
會議均由會長召集之，並報經主管機關備查。
會務委員會開會時，由出席委員互推一人為主席主持會議；其會議之組織、議事程序、會議事項及其他應遵行事項之規則，由主管機關定之。
(第17條)會員年滿二十三歲，具有會員資格一年以上，可登記為會務委員候選人。
前項會務委員任期四年，連選得連任；其選舉之登記、資格審查程序、罷免之提議、連署、程序、成立要件、投票與開票、公告、爭議處理及其他應遵行事項之辦法，由主管機關定之。
(第18條)會務委員會之職權如下：
一、審議組織章程及會員停權等有關權利義務事項。
二、議決工作計畫。
三、審議不動產之處分、設定負擔或超過十年期間之租賃。
四、審議借債及捐助事項。
五、審議預算、決算。
六、議決會長及會務委員提議事項。
七、議決會員陳情事項。
八、其他依法令應行使之職權。
前項各款所定職權之行使，以會議方式行之，其屬於第一款至第六款之審議或議決事項，應報經主管機關核定後施行。
第一項各款所定職權之行使，遇有爭議或窒礙難行時，應報經主管機關決定之。
會務委員會對於預算案，不得為增加支出之決議。
(第19條)農田水利會置會長一人，依法令及該會章程綜理業務，指揮監督所屬員工及事業機構，對外代表該會。
(第19-1條)農田水利會會長就年滿三十歲、具有會員資格一年以上，並符合下列要件之一者，由會員直接投票選舉之：
一、教育主管機關認可之高級中等學校畢業或普通考試及格，並具有政府機關、農田水利會十年以上行政、水利、土木、農業有關工作經驗而成績優良。
二、曾任農田水利會會長、總幹事四年以上及一級主管六年以上成績優良。
會長選舉之登記、資格審查程序、罷免之提議、連署、進行程序、成立要件、投票與開票、公告、爭議處理及其他應遵行事項之辦法，由主管機關定之。
(第19-2條)會員有下列情事之一者，不得登記為會長、會務委員候選人：
一、受停止會員權利處分，尚未復權。
二、褫奪公權，尚未復權。
三、犯內亂、外患罪經判刑確定。
四、犯詐欺、侵占、背信及貪污罪經判刑確定。
五、犯投票行賄罪、收賄罪、妨害投票或競選罪、包攬賄選罪經判刑確定。
六、犯第三十八條之一第一項或第三十八條之二之罪經判刑確定。
七、犯前四款以外之罪，經判處有期徒刑以上之刑確定，尚未執行或執行未畢。
但受緩刑宣告或有期徒刑六個月以下得易科罰金者，不在此限。
八、受宣告強制工作之保安處分之裁判確定，尚未執行、執行未畢或執行完畢未滿五年；受其他保安處分之裁判確定，尚未執行或執行未畢。
但因緩刑而付保護管束者，不在此限。
九、曾擔任農田水利會選任或遴派職務而被解除職務。
前項規定，於中華民國九十九年四月二十日修正施行前已發布選舉公告之選舉，仍適用修正前之規定。
(第20條)農田水利會會長任期四年，連選得連任一次。
(第21條)農田水利會會長因故出缺時，由該會總幹事代理，並應於代理之日起六十日內重新補選；其任期以補足原任會長未滿之任期為止，並以一任計算。
但原任會長未滿之任期不及一年者，不補選。
(第22條)農田水利會之組織規程及其編制、各級員工之任用、待遇及管理等事項之規則，由主管機關定之。
(第23條)農田水利會之會長及各級專任職員，視同刑法上之公務員，不得兼任其他公職。
(第五章，經費)
(第24條)農田水利會之經費，以下列收入充之：
一、會費收入。
二、事業收入。
三、財務收入。
四、政府補助收入。
五、捐款及贈與收入。
六、其他依法令之收入。
前項各款收入免徵營業稅及所得稅。
(第25條)農田水利會會費，應向享受灌溉或排水利益之會員徵收。
會員請求增加灌溉水量或抽水灌溉利益者，得按受益程度加收會費。
水利會會費，自應徵收之日起滿五年未經徵收者，不再徵收。
但於五年期間屆滿前，已移送強制執行尚未結案者，不在此限。
前項水利會會費未恢復徵收前，由政府編列預算補助之。
(第26條)農田水利會因實際需要，經主管機關核准或主管機關指定興建之農田水利工程，得向直接受益會員徵收工程費，自各該土地受益第二年起，分年徵收，以工程費總額為限。
受益土地變更用途時，未繳清之工程費，應由土地所有權人負擔之。
受益土地所有權移轉時，應由承受人負擔之。
(第27條)新會員入會或新建工程擴增受益之會員，應比例分擔工程費，作為特種基金，非經主管機關核准，不得動支。
(第28條)農田水利會得徵收建造物使用費、餘水使用費，列為事業收入。
(第29條)農田水利會依前四條規定徵收各費之適用對象、種類、徵收程序及其計算基準之辦法，由主管機關定之。
(第30條)本通則規定之會費及工程費，繳納義務人逾期不繳納者，每逾三日加收滯納金百分之一，但滯納金加收累計不得超過百分之十。
前項會費及工程費逾三十日仍不繳納時，由各該農田水利會檢具催收證明，併同滯納金聲請法院裁定強制執行。
不服裁定時，得提起抗告，但不得再抗告。
法院之裁定，應於七日內為之。
(第31條)農田水利會每年度之全部收入，除用人及管理上必需之費用外，應全部用於水利設施之興建、養護及改善，並酌提公積金、災害準備金及折舊準備金。
前項公積金、準備金，非經報主管機關核准，不得動用。
(第32條)各農田水利會之經費，得由主管機關指定之金融機構代收經管。
其所得之盈餘，應酌提百分之二十，作為農田水利會聯合會之輔導費用。
(第33條)農田水利會每年度收入及支出，均應編制預算及決算。
前項各農田水利會預算、決算之編制及其他應遵行事項之辦法，由主管機關定之。
(第34條)各農田水利會之會計制度應具有一致性；其會計報告、科目、憑證及內部審核程序，由主管機關定之。
農田水利會經費之保管、運用、財產處分及其他財務處理之辦法，由主管機關定之。
(第六章，監督及輔導)
(第35條)農田水利會之業務，應受主管機關之監督、輔導；其監督、輔導及其他應遵行事項之辦法，由主管機關定之。
本通則中華民國一百零一年一月十九日修正之條文施行前，原由直轄市主管機關主管之農田水利會，繼續適用原直轄市主管機關依本通則所定組織、人事、財務、會計等法令至一百零三年五月三十一日止。
但各該法令中規定屬主管機關權責事項者，均改由本通則之主管機關辦理。
(第36條)農田水利會有違反法令、怠忽任務或妨害公益時，主管機關應予以糾正或制止；其情節重大者，得由主管機關予以整頓或暫為代管，重行組織。
(第37條)農田水利會會長或會務委員於任期內有下列情事者，應予撤職：
一、犯內亂、外患罪經判刑確定。
二、犯詐欺、侵占、背信及貪污罪，經判刑確定。
三、犯前二款以外之罪，受有期徒刑以上之判決確定，而未受緩刑之宣告或未執行易科罰金。
四、受保安處分或感訓處分之裁判確定。
但因緩刑而付保護管束者，不在此限。
五、褫奪公權尚未復權。
六、受監護或輔助宣告尚未撤銷。
農田水利會會長、會務委員考核獎懲之辦法，由主管機關定之。
(第38條)農田水利會會長、會務委員及各級員工不得有下列行為：
一、直接或間接承包各該會工程或向各該會推銷器材物品。
二、利用職權或公款牟利。
三、洩漏公務上之秘密，使他人獲不法利益。
四、其他違反法令之行為。
(第38-1條)農田水利會之選舉有下列行為之一者，處三年以下有期徒刑，得併科新臺幣九萬元以下罰金：
一、有選舉權之人，要求、期約或收受財物或其他不正利益，而許以不行使其選舉權或為一定之行使。
二、對於有選舉權之人，行求、期約或交付財物或其他不正利益，而約其不行使選舉權或為一定之行使。
三、對於候選人行求、期約或交付財物或其他不正利益，而約其放棄競選或為一定之競選活動。
四、候選人要求、期約或收受財物或其他不正利益，而許以放棄競選或為一定之競選活動。
犯前項之罪者，所收受之財物沒收之。
如全部或一部不能沒收時，追繳其價額。
(第38-2條)以強暴、脅迫或其他非法方法妨害他人競選或使他人放棄競選或妨害他人自由行使選舉權者，處五年以下有期徒刑，得併科新臺幣十五萬元以下罰金。
前項未遂犯罰之。
(第七章，附則)
(第39條)農田水利會為促進互助合作共同發展，設立農田水利會聯合會。
前項農田水利會聯合會為法人。
(第39-1條)（刪除）
(第40條)本通則施行前，已頒行之農田水利會組織、規章，不合於本通則之規定者，依本通則改正之。
(第41條)本通則自公布日施行。
本通則中華民國九十八年十二月二十二日修正之條文，自九十八年十一月二十三日施行。